Πλένουμε τις μελιτζάνες και τις τρυπάμε σε πολλά σημεία με πιρούνι και τις ψήνουμε στο γκριλ μέχρι να μαλακώσουν εσωτερικά καλά.
Στη συνέχεια, χαράζουμε την πάνω πλευρά με ένα μαχαιράκι και με ένα κουτάλι αφαιρούμε την ψίχα τους δημιουργώντας ένα βαθούλωμα.
Σε ένα μπολ ανακατεύουμε ελαφρά την ψημένη ψίχα από τις μελιτζάνες, τις πιπεριές, την τριμμένη φέτα, το θυμάρι ή τη ρίγανη, το πιπέρι, αλάτι και το μισό ελαιόλαδο.
Γεμίζουμε τις ψημένες μελιτζάνες με το μίγμα, περιχύνουμε με το υπόλοιπο ελαιόλαδο και πασπαλίζουμε με φρέσκο θυμάρι.
– Μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε πιπεριές Φλωρίνης ψητές ή τουρσί.